Spațiile de depozitare trebuie să fie construite pe baza unor parametrii exacți, plecând de la produsele care se vor afla în ele. Una dintre cele mai mari provocări este aceea de a crea și menține temperatura constantă, în special în cazul depozitării alimentelor perisabile cum ar fi fructele și legumele. Alte provocări se referă la optimizarea capacității bateriei, minimizarea pierderilor de spațiu si a dificultăților cauzate de condensare.
Companiile din această industrie aplică o serie de soluții practice, cum ar fi: utilizarea echipamentelor fiabile de manipulare pentru asigurarea unui flux rapid de marfă cu scopul de a păstra alimentele proaspete. Operațiunile din depozitele frigorifice aduc provocări în procesul de manipulare a mărfii deoarece temperaturile sub zero grade Celsius pot afecta echipamentele. Prin urmare, pentru a preveni defecțiunile și costurile de reparație, sunt recomandate atât echipamentele speciale destinate depozitelor frigorifice, cât și automatizarea unor procese și sisteme pentru a reduce numărul operatorilor din zonele reci și pentru a avea un control sporit asupra activității generale din cadrul depozitului.